与配偶因感情不和已分居两年，对方仍不同意离婚，可选择起诉离婚。根据《民法典》的规定，法院应当允许因感情不和而分居两年，但原告应当承担相应的举证责任。

一、起诉离婚所需证据：

证明分居事实的证据：如证人证言、租赁合同、新地址收到的信件等，证明双方因感情不和而不同居，不履行夫妻义务。

证明感情破裂的证据：除了证明分居外，还需要证明分居的原因是感情不和，而不是工作、学习或住房问题。

其他辅助证据：可能包括通讯记录、银行账户记录、子女抚养情况等，以充分证明夫妻关系状况。

二、起诉离婚流程：

起草诉状：明确诉讼请求和理由。

准备证据：收集上述证据材料。

提交立案：向有管辖权的法院提交诉状和证据，由法院审查决定是否受理。

诉前调解：法院将对双方进行调解，如调解无效，将继续审理。

开庭审理：法院安排开庭，双方可委托律师或其他代理人，但当事人一般必须出庭。

等待判决：法院根据提交的证据和审判情况作出判决。

即便分居两年，婚姻关系也不会自动解除，必须通过法定离婚程序。若第一次起诉离婚未能成功，则需等待六个月后再次提起诉讼。若有疑问，建议咨询专业律师，以获得法律指导和帮助。

【相关法条】

《民法典》第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

(一)重婚或者与他人同居;

(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;

(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;

(四)因感情不和分居满二年;

(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。